M. Kemal Paşa zor bir yolculuktan sonra 19 Mayıs 1919 günü Samsun'a ayak bastı.Nutuk'ta o gün ülkenin durumunu şöyle belirtiyor;
"Osmanlı Devleti'nin içinde bulunduğu topluluk, Genel Savaş'ta (Birinci Dünya Savaşı) yenilmiş, Osmanlı ordusu her yanda zedelenmiş, şartları ağır bir mütarekename (Ateşkes Antlaşması) imzalanmış, Büyük savaşın uzun yılları boyunca, ulus yorgun ve yoksul bir durumda. Ulusu ve yurdu Genel Savaş'a sürükleyenler, kendi başlarının kaygısına düşerek, yurttan kaçmışlar. Padişah ve Halife olan Vahdettin, soysuzlaşmış, kendini ve yalnız tahtını koruyabileceğini umduğu alçakça yollar araştırmakta. Damat Ferit Paşa'nın isteklerine uyulmuş ve onunla birlikte kendilerini koruyabilecek herhangi bir duruma boyun eğmiş.
Ordunun elinden silahları ve cephanesi alınmış ve alınmakta..
İtilâf Devletleri, Ateşkes Antlaşması hükümlerine uymayı gerekli görmüyorlar. Birer uydurma nedenle İtilaf donanmaları ve askerleri İstanbul'da. Adana iline Fransızlar, Urfa, Maraş, Anteb'e İngilizler girmişler. Antalya ile Konya'da İtalyan birlikleri, Merzifon'la Samsun'da İngiliz askerleri bulunuyor. Her yanda yabancı devletlerin subay ve memurları ve özel adamları çalışmakta... 15 Mayıs 1919'da İtilaf Devletleri'nin uygun bulmasıyla Yunan ordusu İzmir'e çıkarılıyor..."
Osmanlı İmparatorluğu'nun parçalandığını gören azınlıklar da çeşitli dernekler kurmuşlardı. Bunun yanı sıra Kürt Teali Cemiyeti, İslam Teali Cemiyeti ve İngiliz Muhipler Cemiyeti gibi zararlı cemiyetler de etkiliydiler. Ülke bir yandan işgal edilirken diğer yandan da parçalanarak paylaşılmak isteniyordu. Atatürk bu durumu şöyle açıklıyordu:
"Felaketin korkunçluğunu ve ağırlığını anlamaya başlayanlar, bulundukları çevreye ve olaylardan etkilenebilme güçlerine göre kurtuluş çaresi saydıkları yollara baş vuruyorlar. Ordu, adı var, kendi yok durumda. Komutanlar ve subaylar, Genel Savaşın bunca sıkıntı ve güçlükleriyle yorgun, yurdun parçalanmakta olduğunu görmekte yürekleri kan ağlıyor, gözleri önünde derinleşen karanlık felaket uçurumun kıyısında kafaları, çıkar yol, kurtuluş yolu aramakta.."
".. Ulus ve ordu, Padişah ve Halifenin hayınlığından haberli olmadığı gibi, o makama ve o makamda bulunana karşı yüzyılların kökleştirdiği din ve gelenek bağlarıyla içten bağlı ve uysal. Ulus ve ordu kurtuluş yolu düşünürken, bu atadan gelen alışkanlık dolayısıyla kendinden önce yüce halifeliğin ve padişahlığın kurtuluşunu ve dokunulmazlığını düşünüyor. Halifesiz ve padişahsız kurtuluşun anlamını kavramaya yetenekli değil... Bu inançla bağdaşmaz görüş ve düşüncelerini açığa vuracakların vay haline hemen dinsiz, vatansız, hayın, istenmez olur."
"... Kurtuluş yolu ararken İngiltere, Fransa, İtalya gibi devletleri gücendirmemek, temel ilke gibi görülmekteydi. Bu devletlerden yalnız biriyle bile başa çıkılamayacağı kuruntusu,hemen bütün kafalarda yer etmişti. Osmanlı Devleti'nin yanında, koskoca Almanya, Avusturya-Macaristan varken hepsini birden yenen, yerlere seren İtilaf kuvvetleri karşısında, yeniden onlarla düşmanlığa varabilecek durumlara girmekten daha büyük mantıksızlık ve akılsızlık olamazdı.
Bu anlayışta olan yalnız halk değildi. Özellikle seçkin denilen insanlar bile böyle düşünüyorlardı."
Mustafa Kemal Paşa Samsun'a çıktığı tarihte Anadolu'nun durumu perişandı. Uzun savaş yıllarının yarattığı felaketler yüzünden Anadolu'da devlet otoritesi kalmamıştı. Hükümet Anadolu'yu unutmuştu. Bölgesel yönetimler beceriksiz, bütün örgütler yıkılmış, particilik kavgaları en küçük kasabaya bile yayılmıştı. Halk ile yöneticiler arasındaki ilgi kaybolmuş, sivil idare acz içinde, ekonomik hayat yıkılmış ve kağıt paraya kimsenin güveni kalmamıştı. Ekonomik hayatla birlikte sosyal çöküntü başlamıştı. Erkeklerini kaybeden ailelerin durumları daha da kötü durumdaydı. Açlık, sefalet her geçen gün artıyordu. Birinci Dünya Savaşı sonuna doğru artan asker kaçağı ve bunların yaptığı soygun ve saldırı olayları yüzünden mal, can ve ırz güvenliği azalmıştı. Noksan jandarma kadroları ile güvenlik sağlamak olanaksızdı. Yine savaş sırasında Rus işgali dolayısıyla içerilere göç çok olmuştu. Yunan işgali üzerine de Batı Anadolu'dan içerilere göç başlamıştı. Bütün bunlar açlık ve sefaleti arttırmıştı. Samsun yöresinde, bütün bunlara ilaveten Rum çetecilerinin korkusundan, Türkler de çeteler kurmuşlardı. Öyle ki, 1919'da Anadolu'da gezmek tehlikeleri göze almakla yapılabiliyordu.
Bu olanaksızlıkların yanı sıra, ülkenin bütünüyle kurtulabileceğine inanan hiç kimse yoktu. Tam bağımsız yeni bir Türk devletinin ancak topyekün bir savaşla kurulabileceğine inanan tek kişi M. Kemal idi. M. Kemal Paşa dışında kurtuluş arayanlar, İtilaf Devletleri'ne karşı düşmanlık etmeden ve Padişah-Halife'ye canla başla bağlı kalmak şartıyla kurtuluş düşünüyorlardı. Oysa, kurtuluşun başarılabilmesi için bu iki gücün de yenilmesi gerekiyordu. İtilaf Devletleri'nin alt edilmesiyle "Ulusal Bağımsızlık", Padişah-Halife'nin alt edilmesiyle de "Ulusal Egemenlik" kazanılacaktı. Ulusu bu inanç etrafında toplamak ve yeni bir savaşa hazırlamak gerekiyordu.
Bütün bu çaresizlikleri görenler, topyekün bir savaşı düşünmedikleri için, türlü kurtuluş düşüncesi ortaya çıkmıştı. Bu durumu Atatürk şöyle açıklıyordu:
"Birincisi : İngiltere'nin koruyuculuğunu istemek.
İkincisi : Amerika'nın güdümünü istemek.
Bu iki türlü karara varmış olanlar, Osmanlı Devleti'nin bir bütün olarak kalmasını düşünenlerdir. Osmanlı ülkesinin çeşitli devletler arasında paylaşılmasından ise, bu ülkeyi bütün olarak bir devletin kanadı altında bulundurmayı yeğleyenlerdir.
Üçüncü karar bölgesi kurtuluş yolları ile ilgilidir.
Örneğin: Bazı bölgeler, kendilerinin Osmanlı Devleti'nden koparılacağı görüşünde ondan ayrılmamak yollarına başvuruluyor. Bazı bölgelerde Osmanlı Devleti'nin ortadan kaldırılacağına, Osmanlı ülkesinin paylaşılacağına olup bitti gözüyle bakarak kendi başlarını kurtarmaya çalışıyorlar." Bütün bu karar ve kurtuluş çarelerini yerinde bulmayan M. Kemal Paşa kendi kararını şöyle açıklıyordu:
"...bu kararların dayandığı bütün kanıtlar ve mantıklar çürüktü, temelsizdi. Gerçekte, içinde bulunduğumuz o günlerde, Osmanlı Devleti'nin temelleri çökmüş, ömrü tükenmişti.Osmanlı ülkesi bütün bütüne parçalanmıştı. Ortada bir avuç Türk'ün barındığı bir ata yurdu kalmıştı. Son olarak bunun da paylaşılmasını sağlamak için uğraşılmaktaydı. Osmanlı Devleti, onun bağımsızlığı, Padişah, Halife, hükümet, bunların hepsi kavramı kalmamış bir takım anlamsız sözlerdi.
Neyin ve kimin dokunulmazlığı için kimden ve ne gibi yardım istemek düşünülüyordu?
O halde sağlam ve gerçek karar ne olabilirdi?
Baylar bu durum karşısında bir tek karar vardı. O da ulus egemenliğine dayanan, kayıtsız, şartsız, bağımsız yeni bir Türk Devleti kurmak
İşte, daha İstanbul'dan çıkmadan önce düşündüğümüz ve Samsun'da Anadolu topraklarına ayak basar basmaz uygulamaya başladığımız karar, bu karar olmuştur.
Bu kararın dayandığı en sağlam düşünüş ve mantık şu idi: Temel ilke, Türk Ulusu'nun onurlu ve şerefli bir ulus olarak yaşamasıdır. Bu, ancak tam bağımsız olmakla sağlanabilir. Ne denli zengin ve müreffeh (gönençli) olursa olsun, bağımsızlıktan yoksun bir ulus, uygar insanlık karşısında uşak durumunda kalmaktan kendini kurtaramaz.
Yabancı bir devletin koruyuculuğunu istemek insanlık niteliklerinden yoksunluğu, güçsüzlüğü ve beceriksizliği açığa vurmaktan başka bir şey değildir. Gerçekten bu aşağılık duruma düşmemiş olanların, isteyerek başlarına yabancı bir yönetici getirmeleri hiç düşünülemez.
Oysa Türk'ün onuru ve yetenekleri çok yüksek ve büyüktür. Böyle bir ulus, tutsak yaşamaktansa yok olsun daha iyidir.
ÖYLEYSE YA BAĞIMSIZLIK YA ÖLÜM."
İşte yeni Türk Devleti'nin kuruluşunu hazırlayan Türk İstiklal Savaşı'nın parolası bu idi. Ancak bu yeni düşüncenin ulusa kabul ettirilmesi ve bunun sağlanabilmesi için de "Osmanlı Hükümeti'ne, Osmanlı Padişahı'na ve Müslümanların Halifesine başkaldırmak ve bütün ulusu ve orduyu ayaklandırmak gerekiyordu." "Ulusal savaşın, ulusal bağımsızlık amacına ulaştıkça ulusal egemenliğe dönüşmesi kaçınılmaz bir tarihi akış idi. Bu kaçınılmaz tarihi akış, gelenekten gelen alışkanlığı ile, hemen sezinleyen Padişah soyu ilk andan başlayarak Ulusal Savaş'ın amansız bir düşmanı oldu." Bütün bu gerçekleri gören M. Kemal Paşa, düşüncelerini Türk Ulusu'nun vicdanında ve geleceğinde sezdiği büyük gelişme yeteneğini bir ulusal sır gibi vicdanında taşıyarak ve aşama aşama sırası geldikçe uygulayarak başarıya doğru yürümekteydi.
Ulusal bağımsızlık ve egemenlik savaşının kazanılması öncelikle ulusal birliğin sağlanması ile mümkündü. Bunun için de yeni Türk Devleti'nin, ulus iradesine dayanan bir güç olarak Anadolu'da tanınması ve otoriteyi ele geçirmesi gerekiyordu. Bu amaçla, M. Kemal Paşa Samsun'a gelir gelmez ilk iş olarak, askeri, sivil yönetimi bir merkezde toplamak için çalışmaya başladı. Bu siyasi örgütlenme yeni Türk Devleti'nin kuruluş başlangıcını oluşturuyordu. Türk İstiklal Savaşı'nda her şeyden önce liderin irade ve düşüncesinin çok büyük yeri vardır. Bu bakımdan M. Kemal Paşa'nın elinde ne ordu, ne silah, cephane ve para, ne de siyasi anlamda örgütlenmiş ve bilinçlenmiş bir ulus vardı. Fakat O'nu bu yola götüren "Türk Ulusu'nun asaletinden doğan ve benim vicdanımı dolduran yüksek manevi bir kuvvet vardı." dediği başarı inancı idi.
M. Kemal Paşa'nın Samsun'a varmasından bir süre önce İngilizler Samsun ve Merzifon'a yeni kuvvetler çıkarmışlardı. Bu bakımdan buraları güvenli değildi. M. Kemal Paşa Samsun'a çıktıktan hemen sonra, yöredeki durumu inceleyip, İngilizlerle görüştükten sonra, 20 Mayıs'ta Sadarete yolladığı telgrafla:
"İzmir'in Yunan askeri tarafından işgali olayı, yakından temasta bulunduğum ulusu ve orduyu ve tarif edilemeyecek derecede içten yaralamıştır. Ne ulus ve ne ordu, varlığına karşı yapılan bu haksız tecavüzü sindirmeyecek ve kabul etmeyecektir..." diyerek, ulus ve ordunun hükümetçe önlem alınacağı ve haklarının korunacağı umuduyla şimdilik sükunetlerini koruduklarını ve yine Samsun'dan 21-23 Mayıs'ta Ali Fuat ve Kazım Karabekir Paşalara çektiği telgrafla, Anadolu'ya geldiğini ve amacını biraz kapalı olarak belirtti.· Samsun yöresindeki bütün asayişsizliğin Rum çetelerince yapıldığını ve İngilizlerin buralara haksız yere asker çıkartmış olduğunu belirten 22 Mayıs tarihli telgrafı ile de Hükümet'in bu durum karşısında önlem almasını istedi.
Azınlıkta olan Rumların, Rusya'dan Rum göçmenleri getirttiklerini yörede çeteler kurarak soygun, öldürme, tecavüz olaylarına başladığını buna karşı, Türk halkının, Rum çetelerinden korunmak için çeteler kurduğunu, hatta Trabzon bölgesinden para ile Laz çeteleri getirttiklerini ve böylece canlarını ve mallarını koruyabileceklerini, Rumların Samsun bölgesindeki emellerinden vazgeçmeleri ile sükunetin sağlanacağını belirten M. Kemal Paşa, "Türklüğün yabancı idaresine tahammülü" ve Yunanlıların Osmanlı memleketlerinin hiç bir yerinde hakimiyet hakları olmadığını, bu sebeple İzmir'in işgaline razı olunamayacağını İngilizlere söylediğini bildirdi. İzmir'in işgali ve Rumların, ülkenin çeşitli yerlerindeki taşkınlıkları ve Samsun yöresinde Rum Pontus Devleti kurmak için giriştikleri çabalar karşısında Osmanlı Hükümeti'nin çaresiz, hatta işgalleri kolaylaştırıcı tutumu, M. Kemal Paşa'nın ulus ve orduyu bu durumdan haberdar etmek, ulus ve memleketin kurtuluşu için yeni bir örgütlenme gereğine inandırmıştı. Ancak Samsun'da kalması güvenlik yönünden sakıncalı idi. Düşüncelerini uygulamak için daha içerilere geçmeye karar vererek 25 Mayıs'ta Havza'ya geldi.
Havza'da halkla doğrudan temasa geçen M.Kemal Paşa halka,ülkenin içinde bulunduğu durumu, Padişah ve Hükümet'in tutumunu, İtilaf Devletleri'nin Türk Ulusu'na köleliği layık gördüklerini, Rum ve Ermeni çetelerinin yarattığı tehlikeyi ve İngilizlerin Samsun'da olduklarını ulus ve orduyu örgütlemek ve isyan ettirmek yolunda ilk adımı da atmış oluyordu. Bir yandan ulusal bilinçlenme ve ulusal birlik için çalışırken, diğer yandan bunun sağlanması için de siyasi, askeri örgütlenmeye başladı. Bu amaçla Samsun'da iken Kazım Karabekir ve Ali Fuat Paşalar ile yazışmıştı. Havza'ya geldikten sonra ordu ile temasını daha da sıklaştırdı. Yalnızca Anadolu'daki değil, Trakya'daki ordu birlikleri ile de temasını yoğunlaştıran M. Kemal Paşa, orduyu bir komuta altında toplamak ve düşman işgallerine karşı konması gereğine komutanları inandırmaya çalıştı. Edirne'de bulunan Cafer Tayyar Paşa'ya yolladığı telgrafta bu amacını şu sözleriyle "Bağımsızlığa ulaşıncaya kadar, bütün ulusla birlikte, özveriyle çalışacağıma kutsal inançlarım adına and içtim. Ben artık Anadolu'dan hiçbir yere gidemem." diyerek açıkça belirtti. Yine aynı telgrafla (18 Haziran) Trakya'nın direnme gücünü arttırmak amacıyla "Anadolu halkı baştan aşağı bölünmez bir bütün haline getirildi. Bütün bu kararlar, bütün komutanlar ve arkadaşlarımızla birlikte alınıyor. Vali ve mutasarrıfların hemen hepsi bizden yanadır. Anadolu'daki ulusal örgütler ile ve bucaklara dek genişledi. İngiliz koruyuculuğu altında bir bağımsız Kürdistan kurulması ile ilgili propaganda ortadan kaldırıldı ve bu amacı güdenler yola getirildi. Kürtler ve Türkler birleştirildi. " sözleriyle de henüz kurulmamış olan bu askeri ve mülki birleşmenin yeni bir otoriteye doğru gelişmekte olduğunu belirtti.
"Ulusal Mücadele" için ordunun kazanılması ve bir komuta altında birleştirilmesine çalışan M. Kemal Paşa Havza'ya geldikten sonra, halkı da Ulusal Mücadele düşüncesi etrafında birleştirme hareketine başlamıştı. İngilizler tarafından Diyarbakır'daki birliklerden toplanarak Samsun'a getirilmekte olan binlerce tüfek mekanizmasına Havza'da el koydurttu. Diğer yerlerdeki ordu birliklerince aynı işlemlerin yapılmasını sağladı. "Erzurum'da Şark Vilayetleri Müdafaa-i Hukuki Cemiyeti"nin ilerleyen kongre hazırlıklarını da yakından izliyordu. 28 Mayıs'ta Komutan, valiler ve ulusal kuruluşlara gönderdiği yazıda ülkenin içinde bulunduğu durumu anlattıktan sonra, mitingler ve protesto gösterileri düzenlemelerini ve ulusal hakların savunulmasını istedi. Bu yazıdan sonra yurdun birçok yerinde miting ve protestolar çoğaldı.
M. Kemal Paşa'nın bir yandan orduyu bir yandan da ulusu örgütlemesi, Ulusal Direnişe çağırması, İngilizler ve İstanbul Hükümeti'nce kısa zamanda duyuldu. O'nun Anadolu'daki çalışmalarından endişelenen İşgal Kuvvetleri Karadeniz Ordusu Başkomutan'ı General Milne, Harbiye Nezareti'ne yazdığı yazı ile, Mustafa Kemal Paşa ile emrindeki subayların vilayetlerde dolaşmaları halk efkârını incittiği gibi, askerlik yönünden de, "Mustafa Kemal ile emrindekilerinin çalışmalarına lüzum görülmediğinden derhal İstanbul'a çağrılmaları..."nı istedi. Harbiye Nezareti'ne yapılan baskılardan sonra, Harbiye Nezareti 8 Haziran'da Kemal Paşa'yı geri çağırdı. Ancak O'nun geri dönmeye hiç niyeti yoktu. Bu sırada Anadolu ya geçmiş bulunan Rauf Bey'i Havza'ya çağıran M. Kemal Paşa 12 Haziran'a kadar Havza'daki çalışmalarını.sürdürdü. İngilizlerin Merzifon'da bulunması sebebiyle karargahını Amasya'ya taşımaya karar veren M. Kemal Paşa 13 Haziran'da da Amasya'ya geldi. Böylece Havza'ya çağırmış bulunduğu arkadaşları ile Amasya'da buluşacaktı. Bu arada İstanbul Hükümeti'nde Mehmet Ali Bey İçişleri Bakanlığı'ndan ayrıldı ve yerine Ali Kemal Bey geçti. Yeni Bakan teslimiyetçi politikasını Anadolu'daki bu ulusal uyanış ve örgütlenmeyi dağıtacak bir biçimde uygulamaya başladı. 17 Haziran'da Anadolu'ya yolladığı emirle, işgallere direnilmemesini, ulusal ordu kurulmamasını istiyor, bu hareketlerin asayişi bozduğunu, soygun ve işgallerin nedeninin bu ulusal hareketler olduğunu ileri sürüyor, "bu gafletle, safdillikle ve vatanperverlik düşüncesine dalanları nasihatlarla ikaz ediniz, olmazsa zorla yola yatırınız." diyordu. Diğer yandan Posta ve Telgraf Umum Müdürlüğü de "Müdafaa-i Hukuk" ve "Redd-i İlhak" Dernekleri'nin verdikleri telgrafların kabul edilmemesini bildirdi. Bunun üzerine M. Kemal Paşa 20 Haziran'da İllere ve Kolordulara çektiği telgraflarla, " telgrafçıların bu emre uymayacağına inandığını, uyan hainler bulunursa Divan-ı Harbe verilerek cezalandırılmalarını " bildirdi.